三、技術(shù)優(yōu)勢:
1、高通量,低成本:一次測序可得到數(shù)百萬條序列,單次運(yùn)行可經(jīng)濟(jì)分析多個(gè)樣品;
2、高分辨率:基于高通量測序技術(shù)能夠直接從單核苷酸水平研究小分子RNA,不存在傳統(tǒng)芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉和背景噪音問題,非常有利于區(qū)分相同家族以及序列極為相似的不同sRNA;
3、高精準(zhǔn)度:reads能覆蓋sRNA全序列,可成功檢測低豐度表達(dá)的miRNA;
4、通用平臺(tái),不依賴已知信息:可進(jìn)行任何物種的sRNA序列測定,既能鑒定已知的miRNA,又能預(yù)測新的miRNA;
5、可重復(fù)性高:深度測序保證了抽樣隨機(jī)性,重復(fù)性非常好,無需重復(fù)實(shí)驗(yàn)
四、樣本要求:
1、樣品類型:完整且無污染的總RNA;
2、樣品需求量(單次):≥10 μg;
3、樣品濃度:≥200 ng/μL;
4、樣品純度:OD260/280 =1.8~2.2;OD260/230≥2.0;28S:18S≥1.5;RIN≥8.0;23S:16S≥1.5 (此項(xiàng)要求只針對原核生物)。
五、成功案例:
【案例一】:采用新一代測序技術(shù)分析浸水24小時(shí)后的玉米種子的小RNA文庫,進(jìn)一步分析確認(rèn)了115個(gè)已知miRNA屬于24個(gè)miRNA家族,并發(fā)現(xiàn)了167個(gè)新的玉米miRNA。使用同樣的方法,再次建立小RNA文庫,將獲得的已知miRNA和新發(fā)現(xiàn)miRNA的信息與重新構(gòu)建的小RNA文庫進(jìn)行比對,成功推測出106個(gè)新miRNA的候選靶標(biāo)。研究結(jié)果顯示:玉米浸水種子中存在著miRNA媒介的基因表達(dá)調(diào)控。