Klenow Fragment(exo-)

描述：Klenow 片段（3′→5′ exo-）是 DNA 聚合酶 I 的 N 末端截短物，它保留了 DNA 聚合酶活性，但失去了 5′→3′ 核酸外切酶活性。該酶進(jìn)一步經(jīng)突變（D355A，E357A）去 除了其 3′→5′的核酸外切酶活性。因此該 DNA 聚合酶無任 何外切酶活性，僅包含了 DNA 聚合酶活性，廣泛用于標(biāo)記 探針制備、cDNA 第二條鏈的合成等建庫試驗(yàn)。

單位定義
一個活力單位即在 37°C 條件下，30 分鐘內(nèi)催化 10 nmoldNTP 的摻入反應(yīng)成為酸不溶性物質(zhì)所需的酶量。該酶保存液中含有 50%甘油。
10×Klenow Buffer: 500 mM Tris-HCl (pH 8.0 at 25 °C), 50mM MgCl2, 10 mM DTT. 該酶兼容 PCR Buffer 和內(nèi)切酶Buffer。
應(yīng)用：
（1）用隨機(jī)引物制備探針
（2）隨機(jī)引物法標(biāo)記
（3）cDNA 第二條鏈的合成
（4）該酶不能用于產(chǎn)物平端不齊失活：75°C，20min 失活。
儲存：-20℃可保存 3 年。
1. 按以下組分配制反應(yīng)液
10×Klenow Buffer 5 μl
模板 DNA 0.1~2 μg
dATP dCTP dGTP (2 mM each) 0.5 μl
Biotin-dUTP or dATP(2 mM) 0.5 μl
random hexamer(125 μM) 10 μl
ddH2O Up to 50 ul
95°C 5min 冰上放置 5min。
2. 聚合反應(yīng)
加入 0.5 μl Klenow Fragment(exo-)，混合均勻。37°C 反應(yīng) 15min，75°C 20min 失活。

一、模板DNA：PCR反應(yīng)需要模板DNA，如從細(xì)胞、組織、血液中提取DNA等；

二、引物：PCR反應(yīng)的兩個引物，分別與模板DNA的兩端配對擴(kuò)增所需的特定區(qū)域，引物也可以合成為TA克隆等過程中使用到的引物；

三、dNTPs：PCR反應(yīng)中需要四種dNTPs，包括脫氧腺苷酸（dATP）、脫氧胸苷酸（dCTP）、脫氧鳥苷酸（dGTP）、脫氧胞嘧啶酸（dTTP），用于細(xì)胞分裂、DNA合成         等生物學(xué)過程，用于PCR擴(kuò)增的模板DNA鏈的延伸和擴(kuò)增；

四、Taq DNA聚合酶：PCR反應(yīng)需要的聚合酶，一般使用Taq聚合酶，還有一些其他種類的聚合酶如PFU、Phusion等，用于擴(kuò)增DNA鏈；

五、PCR buffer溶液：對PCR反應(yīng)具有緩沖作用，調(diào)節(jié)反應(yīng)pH，硫代硫酸氫鹽SDS、小分子有機(jī)化合物如甲醛，可增強(qiáng)PCR反應(yīng)特異性，從而提高反應(yīng)效率；

六、酶切體系：PCR擴(kuò)增往往涉及到重組、構(gòu)建和測序等等實(shí)驗(yàn)步驟，常常需要進(jìn)行酶切操作。

七、MARK:一種分子量標(biāo)準(zhǔn)，用來判別DNA片段大小的工具。

八、DNA純化試劑盒：用于純化PCR反應(yīng)產(chǎn)物；

①Oligo dT
選擇Oligo dT時，要求RNA必須有Poly A，所以真核生物的mRNA都適用。適合長鏈甚至全長mRNA的RT，對RNA樣品的質(zhì)量要求較高，不要有明顯的DNA污染、RNA降解和RNA斷裂。假如想探索新的mRNA進(jìn)行RT反應(yīng)，建議推薦使用Oligo dT引物。使用Oligo dT引物要比隨機(jī)引物和特異性引物的穩(wěn)定性要好。
②隨機(jī)引物
適合各種RNA的RT，尤其適合模板豐度很低的情況（比如某個gene表達(dá)量很低）。選擇隨機(jī)引物時，鏈cDNA合成反應(yīng)中就是以所有的RNA為模板，然后進(jìn)行PCR反應(yīng)時設(shè)計引物進(jìn)行特異性擴(kuò)增。同時要注意隨機(jī)引物的量和總RNA量之間的關(guān)系，一般建議每5µg總RNA的隨機(jī)引物的用量為50ng，如果每5µg總RNA的隨機(jī)引物的用量超過250ng，可能會導(dǎo)致小片段產(chǎn)物（＜500bp）的增加和長片段、全長產(chǎn)物的降低。
③特異性引物
基因特異性引物（GSP）是某個基因序列的一部分，與模板互補(bǔ)的引物。該引物需要結(jié)合目標(biāo)RNA的已知序列進(jìn)行設(shè)計。由于引物和RNA序列特異性結(jié)合，每個目標(biāo)RNA都需要一套新的基因特異性引物。因此，當(dāng)分析多種目標(biāo)時，則需要適用更多的RNA樣本。而且不同引物退火溫度本來就不相同，所以一般不推薦使用。如需要使用特異性引物，建議對退火溫度進(jìn)行優(yōu)化。