無菌室外源性污染源，主要是通過門和無菌室內(nèi)外通道侵入的室外空氣。因此無菌室的布置通常都采用按照工藝操作的關鍵程度，潔凈度的高低由里往外逐級減弱，抵御室外污染空氣的侵入。同時為物料和人員進出無菌室設置相應的控制措施，例如物料的氣閘、人員的無菌更衣系統(tǒng)以及室內(nèi)廢棄物傳遞出來的通道等。無菌室內(nèi)的污染源，主要來自于無菌室內(nèi)必要的操作人員和部分工藝設備，通常無菌室內(nèi)操作人員的四周區(qū)域是潔凈度最差的區(qū)域，也是無菌技術中重要的控制內(nèi)容。

在無菌室的設計中，通過向室內(nèi)輸送定量的潔凈空氣，稀釋置換室內(nèi)已使用過的潔凈空氣，將臟空氣排出室外，使室內(nèi)的空氣潔凈度等級達到100000級、10000級或局部達到100級的空氣潔凈度要求，室內(nèi)已使用過的臟空氣由清潔的空氣取代，在空氣的稀釋置換設計中，臟空氣與清潔空氣持續(xù)地混合稀釋，逐漸減少房間中的微粒負荷。置換稀釋設計對潔凈區(qū)域的空氣凈化系統(tǒng)的設計有很高的要求，而且必須考慮無菌室的布局和操作方式，還要為關鍵區(qū)間提供合適的局部單向空氣流動保護，需要注意與空氣凈化系統(tǒng)供應的空氣一樣，滿布高效空氣過濾器的單向流動罩產(chǎn)生的空氣流動也可以置換稀釋房間中空氣傳播的微粒，這種空氣流動會增加有效的房間空氣交換率，并有助于污染空氣置換稀釋。無菌室內(nèi)空氣置換稀釋污染系統(tǒng)設計時應注意:潔凈空氣供應的體積應足以抵消空間中不斷產(chǎn)生的微粒數(shù)，以此維持工藝操作的基本條件要求;室內(nèi)空間供應的空氣應比普通維持條件下空氣更清潔;要求混合供應的清潔空氣應滿足去除房間內(nèi)含有微粒的空氣，以達到室內(nèi)空氣置換稀釋的作用。

無菌室內(nèi)天花板應與風管、管道、燈具、風口等的安裝脫開，光滑、無裂縫，易于清洗。無菌室的門窗材料應選擇耐受性好、自然變形小、制造誤差小、容易控制縫隙、氣密性好的材料，采用雙層中空玻璃結(jié)構(gòu)的雙層窗，既節(jié)約空間、又節(jié)約能源，還可以避免玻璃窗結(jié)露引起霉變，造成污染;窗盡量采用大玻璃，這樣可減少積灰點，又有利于清潔工作。