AATI高通量毛細(xì)管電泳儀的詳細(xì)介紹
1.應(yīng)用背景:從組織、細(xì)胞或器官中提取基因組DNA(gDNA)是所有后續(xù)DNA分析中尤為重要的步。迄今為止,gDNA的定量和定性均需要兩種不同的儀器來完成,一種用于定性分析,另一種用于定量分析。
由美國AATI公司研發(fā)的Fragment AnalyzerTM系統(tǒng)平臺,則可對gDNA同時(shí)進(jìn)行定性定量分析,而且樣品需要量少,分析速度快。
2.Fragment AnalyzerTM的優(yōu)勢
- 擁有gDNA檢測試劑盒的儀器
- 可分析15000bp以上大片段
- 可同時(shí)定性和定量
- 適用于NGS中gDNA的質(zhì)控
3.Fragment AnalyzerTM系統(tǒng)應(yīng)用示例
圖1:Fragment AnalyzerTM系統(tǒng)下基因組DNA分離結(jié)果(右),數(shù)字凝膠成像圖(左),λDNA(F6);HindIII Marker(紅色);完整DNA(D1和藍(lán)色);降解DNA(B1和綠色)
圖2:Fragment AnalyzerTM系統(tǒng)下DNA大片段分離(上)和定量(下)結(jié)果。定量結(jié)果顯示,DNA大片段彌散范圍主要在1000-10000bp,同時(shí)計(jì)算出各個(gè)樣品的濃度(μg/μl),比例(% total),摩爾分?jǐn)?shù)(nmole/L),平均片段長度(Avg.Size),變異系數(shù)(%CV)
圖3:Fragment AnalyzerTM系統(tǒng),lamda DNA/HindIII ladder以及1Kb DNA extension ladder的分離結(jié)果,高達(dá)40000bp的大片段亦可獲得的分辨率。
圖4:Fragment AnalyzerTM系統(tǒng)下基因組DNA分析結(jié)果,A1-C1為降解的基因組DNA,其平均片段長度<5kb,D1-F1為完整的基因組DNA,平均片段長度>9kb。
圖5 左:沙門氏菌基因組基因組DNA數(shù)碼凝膠圖像-類似傳統(tǒng)的平板凝膠圖像。然而,圖像是由能夠同時(shí)分析12或96個(gè)樣品的全自動毛細(xì)管電泳儀產(chǎn)生。 右:相同樣品的凝膠電泳,上部曲線為完整的基因組DNA,往下依次為不同降解程度的基因組DNA電泳圖譜。