如今，單細(xì)胞基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)研究不再是遙不可及。利用新興的微流體方法和分子生物學(xué)技術(shù)，研究人員逐漸能從群體噪音中提取單細(xì)胞信號。《Genome Technology》雜志請來了一些專家，來分享他們在單細(xì)胞qPCR分析上的經(jīng)驗(yàn)。通過一問一答的形式，希望能為您的研究帶來一點(diǎn)啟發(fā)。Q3：在改善單細(xì)胞qPCR實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)上，您有哪些建議？
Mikael Kubista（TATAA生物中心）
每個(gè)細(xì)胞可以測定的標(biāo)志物數(shù)量是有限的，這就讓標(biāo)志物的選擇很關(guān)鍵。選擇標(biāo)志物的策略取決于研究目的。如果目標(biāo)是研究表達(dá)通路和基因網(wǎng)絡(luò)，那么選擇標(biāo)準(zhǔn)就與目標(biāo)是區(qū)分細(xì)胞類型時(shí)*不同。一旦標(biāo)準(zhǔn)確定，可利用軟件（如GenEx）中的統(tǒng)計(jì)學(xué)選擇工具。
Anders Ståhlberg（哥德堡大學(xué)）
單細(xì)胞基因表達(dá)譜分析通常需要多個(gè)RT-qPCR實(shí)驗(yàn)。在開始單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前，應(yīng)當(dāng)對細(xì)胞群體進(jìn)行測定和分析。細(xì)胞群體測定將為您提供有用的信息，讓您清楚應(yīng)使用哪些實(shí)驗(yàn)條件，并對目的基因的表達(dá)水平有個(gè)大概了解。
因經(jīng)費(fèi)和時(shí)間限制，分析實(shí)驗(yàn)條件和生物學(xué)重復(fù)通常是不可行的。對于*輪實(shí)驗(yàn)，我們通常測定40-100個(gè)細(xì)胞中的10個(gè)基因，避免預(yù)擴(kuò)增。這一數(shù)據(jù)將為您提供細(xì)胞異質(zhì)性和關(guān)鍵標(biāo)志物表達(dá)水平的信息。之后，設(shè)計(jì)更大的實(shí)驗(yàn)就會比較輕松。
Finn-Arne Weltzien（挪威獸醫(yī)學(xué)院）
一定要包含可靠的對照實(shí)驗(yàn)，以避免假陽性。在制備和開展實(shí)驗(yàn)時(shí)要特別小心，避免RNA降解或逆轉(zhuǎn)錄條件不佳。
Weiwen Zhang（亞利桑那州立大學(xué)，現(xiàn)在天津大學(xué)）
總的來說，下面三個(gè)步驟的效率對一個(gè)成功的單細(xì)胞分析很重要：細(xì)胞分離、RNA分離和cDNA合成、以及單細(xì)胞qPCR的引物設(shè)計(jì)。我們發(fā)現(xiàn)，適合高豐度模板的引物不一定適合單細(xì)胞水平的qPCR模板。
Q4：您采取哪些步驟來減少實(shí)驗(yàn)誤差以及噪音？
Mikael Kubista（TATAA生物中心）
建立可重復(fù)的實(shí)驗(yàn)步驟是非常重要的。例如，可將裂解液分成幾等份，單獨(dú)分析和比較，以檢驗(yàn)裂解。利用CelluLyser，我們發(fā)現(xiàn)各等份之間的一致性很好，說明細(xì)胞均勻地裂解。利用加熱或蒸餾水來裂解細(xì)胞通常產(chǎn)生異質(zhì)的裂解液，導(dǎo)致各等份不均一。通過RNA加標(biāo)可檢測回收效率和重復(fù)性。我們設(shè)計(jì)了一個(gè)帶有5’帽子和A尾巴的通用加標(biāo)，以模擬天然的mRNA。RNA加標(biāo)可添加到裂解液中，或顯微注射到細(xì)胞中。逆轉(zhuǎn)錄也應(yīng)當(dāng)優(yōu)化。因引物結(jié)合、目的基因和逆轉(zhuǎn)錄酶的不同，RT產(chǎn)量可相差200倍之多。此外，添加到RT預(yù)混液中的裂解液的量也必須仔細(xì)調(diào)整，以避免抑制，同時(shí)讓RT產(chǎn)量zui高。預(yù)擴(kuò)增同樣應(yīng)該精心優(yōu)化和驗(yàn)證。總的來說，重復(fù)性比避免偏向（bias）更關(guān)鍵，盡管這兩個(gè)參數(shù)通常是密切相關(guān)。
Anders Ståhlberg（哥德堡大學(xué)）
所有實(shí)驗(yàn)步驟都必須精心優(yōu)化。首先應(yīng)確保您采集的細(xì)胞代表了群體，且有著良好的RNA質(zhì)量。盡量減少不同實(shí)驗(yàn)步驟之間的稀釋。這很重要，因?yàn)榉肿涌倲?shù)很少。不過，要避免加入過高濃度的去污劑、逆轉(zhuǎn)錄酶等，以免抑制下游實(shí)驗(yàn)。逆轉(zhuǎn)錄、預(yù)擴(kuò)增和qPCR都對抑制敏感。例如，逆轉(zhuǎn)錄酶可能抑制預(yù)擴(kuò)增和qPCR。稀釋倍數(shù)取決于酶的選擇和品牌。如果只分析少數(shù)基因，應(yīng)避免預(yù)擴(kuò)增，以免此步驟引入更多偏向。運(yùn)行技術(shù)重復(fù)可能收獲不大。相反，應(yīng)盡可能地收集和分析更多細(xì)胞。
Finn-Arne Weltzien（挪威獸醫(yī)學(xué)院）
在制備和開展實(shí)驗(yàn)時(shí)，必須一絲不茍。我們還用疏水物質(zhì)包被玻璃移液管，以避免帶電荷的核酸吸附在玻璃上，這可能導(dǎo)致假陽性。記住，qPCR引物必須是zui高質(zhì)量的，才能產(chǎn)生高質(zhì)量的結(jié)果。
Weiwen Zhang（亞利桑那州立大學(xué)，現(xiàn)在天津大學(xué)）
根據(jù)我們發(fā)表的結(jié)果，技術(shù)重復(fù)之間的誤差通常極小。然而，生物學(xué)重復(fù)之間的誤差就難以確定，因?yàn)闊o的對照存在。為了盡量減少單細(xì)胞之間的誤差，我們一般平行運(yùn)行全部單細(xì)胞qPCR分析（包括RNA分離、cDNA合成和實(shí)時(shí)定量PCR），并在一塊PCR加熱板中（如ABI 48孔、96孔或384孔板）。
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