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研究人員運用新一代測序技術(shù)對17株野生大豆和14株栽培大豆進行了全基因組重測序，利用SOAP軟件v2.18比對到大豆的參考基因組上，總共發(fā)現(xiàn)了630多萬個單核苷酸多態(tài)性位點（SNPs），建立了高密度的分子標(biāo)記圖譜。同時通過SOAPdenovo軟件分別對野生大豆和栽培大豆進行組裝，從而鑒定出了18多萬個兩種大豆中獲得和缺失變異（PAVs），得到了在栽培大豆中獲得以及丟失的基因。此研究還發(fā)現(xiàn)了大豆基因組不同于其它作物植物的兩個顯著特點：存在較高程度的基因連鎖不平衡和較高比例的單核苷酸非同義替換/同義替換比例，這提示在大豆育種方面，分子標(biāo)記育種比基因圖位克隆可能會擁有更多的優(yōu)勢。這些發(fā)現(xiàn)為大豆的遺傳學(xué)研究以及分子育種提供了重要的多態(tài)性標(biāo)記，同時也補充了大豆的基因集，為大豆基因組的進一步研究提供了大量的寶貴數(shù)據(jù)。
研究人員發(fā)現(xiàn)，與栽培大豆相比，野生大豆有著更高水平的遺傳多樣性，這表明人類的選擇對栽培大豆的遺傳多樣性產(chǎn)生了很大的影響，導(dǎo)致了狹窄的生物多樣性，對可持續(xù)種植帶來負(fù)面影響。而對野生大豆的分析表明，隨著野生大豆生存環(huán)境的減少，野生大豆的有效群體大小在減少，這表明了野生種質(zhì)資源保存的重要性和緊迫性。此外，研究人員還報道了大豆基因組中基因連鎖不平衡位點及分布，鑒定了20多萬個標(biāo)簽SNPs，這些工作將有利于數(shù)量性狀位點分析及相關(guān)研究。該項研究*次為大豆基因組學(xué)研究提供了全面的重測序數(shù)據(jù)，對未來的大豆群體遺傳學(xué)研究，分子標(biāo)記育種，新基因的發(fā)現(xiàn)奠定了堅實的基礎(chǔ)。
大豆是中國和亞洲地區(qū)的重要傳統(tǒng)作物，蘊含豐富營養(yǎng)價值，是提供食糧和飼料的重要經(jīng)濟作物，大豆亦是一種對環(huán)境十分友善的作物，每年以每公頃一百公斤的效率把大氣中的氮氣轉(zhuǎn)化到土壤之中，令植物可以吸收，適合應(yīng)用在輪作、連作和套作等可持續(xù)發(fā)展農(nóng)業(yè)模式中。雖然大豆起源于中國，但國內(nèi)的大豆生產(chǎn)只及需求的三分之一，令中國成為zui大的大豆入口國，每年耗資數(shù)十億美元購買大豆，入口總額為大豆總出口量的一半。由于中國及世界的農(nóng)耕地面積及淡水資源不斷萎縮，令大豆等作物的產(chǎn)量難以滿足人口上升而日益增加的需求，有效利用邊緣土地作種植用途成為優(yōu)先課題。
香港中文大學(xué)的項目負(fù)責(zé)人Lam Hon-Ming林漢明博士相信這項研究所產(chǎn)生的大量基因組數(shù)據(jù)可以促進日后的大豆研究，同時亦為大豆育種提供重要信息。這是全由中國科學(xué)家在大豆的故鄉(xiāng)----中國完成的一項大型大豆基因組課題，突破了*國家在大豆研究的壟斷，亦是大陸和香港之間的緊密合作獲得顯著科研突破的*。同時，此項科學(xué)研究在中港科研合作*也具有新的里程碑意義。香港中文大學(xué)與華大基因研究院的科研工作者將作物科學(xué)、分子生物學(xué)與新一代測序技術(shù)相結(jié)合，實現(xiàn)了強強聯(lián)合，研究成果將會進一步深化大豆的科學(xué)研究與應(yīng)有開發(fā)，zui終為中國乃至*的農(nóng)業(yè)做出貢獻。
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