醫(yī)院污水要比一般生活污水排放情況復(fù)雜，原因在于同一所醫(yī)院各隸屬部門的功能、設(shè)施和人員等組成情況不同，所產(chǎn)生的污水組成成分及水量各不相同；再之，不同性質(zhì)的醫(yī)院產(chǎn)生的污水也是大有不同。醫(yī)院污水來源及成分復(fù)雜，具有傳染性，若不經(jīng)處理或處理不當(dāng)，會嚴(yán)重威脅到人們的健康。
醫(yī)院污水處理原則：
全過程控制原則。
       對醫(yī)院污水產(chǎn)生、處理、排放的全過程進(jìn)行控制。

減量化原則。

       嚴(yán)格醫(yī)院內(nèi)部衛(wèi)生安全管理體系，在污水和污物發(fā)生源處進(jìn)行嚴(yán)格控制和分離，醫(yī)院內(nèi)生活污水與病區(qū)污水分別收集，即源頭控制、清污分流。嚴(yán)禁將醫(yī)院的污水和污物隨意棄置排入下水道。 

就地處理原則。
       為防止醫(yī)院污水輸送過程中的污染與危害，在醫(yī)院必須就地處理。 
分類指導(dǎo)原則。

       根據(jù)醫(yī)院性質(zhì)、規(guī)模、污水排放去向和地區(qū)差異對醫(yī)院污水處理進(jìn)行分類指導(dǎo)。

達(dá)標(biāo)與風(fēng)險控制相結(jié)合原則。

       全面考慮綜合性醫(yī)院和傳染病醫(yī)院污水達(dá)標(biāo)排放的基本要求，同時加強風(fēng)險控制意識，從工藝技術(shù)、工程建設(shè)和監(jiān)督管理等方面提高應(yīng)對突發(fā)性事件的能力。
生態(tài)安全原則。
       有效去除污水中有毒有害物質(zhì)，減少處理過程中消毒副產(chǎn)物產(chǎn)生和控制出水中過高余氯，保護(hù)生態(tài)環(huán)境安全。
       目前執(zhí)行的《污水綜合排放標(biāo)準(zhǔn)》（GB18466-2005），將醫(yī)院污水按其受納水體不同的使用功能等規(guī)定了相應(yīng)的糞大腸桿菌群數(shù)和余氯標(biāo)準(zhǔn)，對COD、SS等理化指標(biāo)無特別要求，只需達(dá)到要求相對較低的其他排污單位標(biāo)準(zhǔn)，且只給出余氯下限而無上限。

       根據(jù)現(xiàn)行標(biāo)準(zhǔn)，現(xiàn)有醫(yī)院污水處理工藝級別低，主要存在：

(1) 懸浮物濃度高，影響消毒效果；

(2)水質(zhì)波動大，消毒劑投加量難以控制；

(3) 消毒副產(chǎn)物產(chǎn)生量大，影響生態(tài)環(huán)境的安全；

(4）余氯標(biāo)準(zhǔn)無上限，過多余氯危害生態(tài)安全等問題。