在水消毒次氯酸鈉發(fā)生器中，殺滅作用是通過其水解生成次氯酸，再分解生成新的生態(tài)氧，其強(qiáng)的氧化活性使細(xì)菌和表面的蛋白質(zhì)變性，從而使病源微生物死亡。實(shí)際上，氯消毒的原理也主要是通過產(chǎn)生次氯酸，然后釋放出新的生態(tài)氧的方式來進(jìn)行。
二是次氯酸在消毒、殺過程中，不僅能作用于細(xì)胞壁、的外殼，還能因次氯酸分子較小，不帶電荷而滲透到細(xì)菌()體內(nèi)，與細(xì)菌()體內(nèi)的蛋白質(zhì)、核酸、和酶等有機(jī)高分子物質(zhì)發(fā)生氧化反應(yīng)，從而殺死病原微生物。
在此基礎(chǔ)上，次氯酸產(chǎn)生的氯離子可顯著改變細(xì)菌和體的滲透壓，次氯酸鈉發(fā)生器可使細(xì)胞失去活力，導(dǎo)致細(xì)胞死亡。

另外，次氯酸鈉發(fā)生器還能分解殘留在蔬菜、水果和其他農(nóng)副產(chǎn)品上的微量藥。大多數(shù)殺蟲劑是由有機(jī)物質(zhì)構(gòu)成的，而次氯酸鈉發(fā)生器釋放出的新態(tài)氧可以將這些物質(zhì)氧化分解。這對于現(xiàn)代農(nóng)業(yè)、果蔬包裝工業(yè)的發(fā)展無疑具有重大的推動作用。還可以肯定的是，由于次氯酸鈉發(fā)生器產(chǎn)生的消毒劑不像氯、二氧化氯等消毒劑在水中產(chǎn)生游離氯，因此一般很難形成因存在游離氯而產(chǎn)生對人體有害的致癌物質(zhì)；也不像臭氧那樣，只要空氣中存在微弱的量(0.001mg/m3)，就會對生命造成傷害和毒害；此外，還不能像氯與水反應(yīng)會形成鹽酸那樣，使水消毒次氯酸鈉發(fā)生器對金屬管道造成嚴(yán)重腐蝕。