熒光顯微鏡所看到的熒光圖像，一是具有形態(tài)學(xué)特征，二是具有熒光的顏色和亮度，在判斷結(jié)果時(shí)，必須將二者結(jié)合起來(lái)綜合判斷。結(jié)果記錄根據(jù)主觀指標(biāo)，即憑工作者目力觀察，作為一般定性觀察基本上是可靠的。

隨著技術(shù)科學(xué)的發(fā)展，采用細(xì)胞分光光度計(jì)、流式細(xì)胞儀、激光共聚焦顯微鏡和圖像分析儀等儀器。但這些儀器記錄的結(jié)果，也必須結(jié)合主觀的判斷。

熒光顯微鏡攝影技術(shù)對(duì)于記錄熒光圖像十分必要，由于熒光很易減弱褪色，要及時(shí)攝影記錄結(jié)果。方法與普通顯微鏡攝影技術(shù)基本相同。只是需要采用高速感光膠片如ASA400以上或感光度27以上。

因紫外光對(duì)熒光猝滅作用大，如FTTC的標(biāo)記物，在紫外光下照射30s，熒光亮度降低50％。所以曝光速度太慢，就不能將熒光圖像拍攝下來(lái)。一般研究型熒光顯微鏡都有半自動(dòng)或全自動(dòng)顯微鏡攝影系統(tǒng)裝置，或用CCD與計(jì)算機(jī)連接，將圖像存在計(jì)算機(jī)硬盤(pán)上。