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PCR反應(yīng)中Taq酶的選擇

2012年04月18日 09:06:30人氣:2380來源:上海滬宇生物科技有限公司


隨著分子生物學(xué)研究發(fā)展的不斷廣泛和深入,PCR已成為一門相當(dāng)成熟的常規(guī)技術(shù),而熱聚合酶(即Taq酶)的合理選擇是PCR成敗與否的一個關(guān)鍵因素。目前市面上有多種Taq酶,能夠滿足多方面的實(shí)驗(yàn)需要。那么,如何選擇zui合適的Taq酶?根據(jù)用戶經(jīng)??紤]的指標(biāo),如特異性、保真性、耐熱性、擴(kuò)增速率、擴(kuò)增片段長度、能否進(jìn)行復(fù)雜模板擴(kuò)增以及優(yōu)化條件難易等等,我們在這兒將主要的Taq酶歸歸類,其性質(zhì)、用途也就一目了然了。

高特異性Taq酶

高度特異性地擴(kuò)增所需的片段是PCRzui基本的要求,影響PCR特異性的因素很多,包括模板、引物性質(zhì)及質(zhì)量、反應(yīng)條件的控制等等,而高特異性Taq 酶的出現(xiàn)大大減少了摸條件這一繁瑣的實(shí)驗(yàn)過程,也為PCR產(chǎn)物快速有效的純化(PCR產(chǎn)物直接純化)打下了基礎(chǔ)。這類酶zui典型的代表是熱啟動Taq酶。大家都知道,在PCR*個循環(huán)變性之前,有一個升溫的過程,引物和模板會有一些非特異性配對,如果這時Taq酶發(fā)揮活性,就很容易產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增,由于循環(huán)初期模板量非常少,產(chǎn)生的非特異性條帶經(jīng)過后面的指數(shù)擴(kuò)增,就會嚴(yán)重干擾目的片段的擴(kuò)增,甚至導(dǎo)致特異性條帶不能擴(kuò)出。而熱啟動Taq酶是必需經(jīng)過高溫才能激活的酶,因此在初始循環(huán)的變性之前它沒有活性,不會產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增,這就大大提高了PCR擴(kuò)增的特異性。*代熱啟動Taq酶往往直接在Taq 酶上做一些修飾,比如用抗體抑制,蠟封等,如Clontech、Stratagen、Gibcol-LTI的一些產(chǎn)品,由于抗體、蠟等異物的摻入,對實(shí)驗(yàn)造成一定的影響,也給試驗(yàn)者帶來一些不便。新一代的熱啟動Taq酶是通過內(nèi)部改造的重組酶,真正實(shí)現(xiàn)便利的熱啟動,代表產(chǎn)品如QIAGEN公司的 HotStar系列,無需別的輔助抑制物,也不用擔(dān)心抑制不穩(wěn)定,使用起來方便、。此外,由于幾乎所有的Taq酶產(chǎn)品都帶有相應(yīng)的反應(yīng)緩沖液,緩沖液的品質(zhì)也對保證Taq酶特異性擴(kuò)增起著不可忽視的作用,一般的緩沖液中調(diào)節(jié)H鍵作用的鹽只有KCl,QIAGEN公司的緩沖體系通過 KCl、(NH4)SO4鹽離子體系的平衡調(diào)節(jié)也提高了酶作用的特異性。

此外,熱啟動的Taq酶也是實(shí)現(xiàn)一步法RT-PCR的基礎(chǔ)。如QIAGEN公司的OneStep RT-PCR試劑盒,在RT反應(yīng)較低溫度下,Taq酶沒有活性,逆轉(zhuǎn)錄酶發(fā)揮活性;RT反應(yīng)結(jié)束,高溫滅活逆轉(zhuǎn)錄酶的同時,激活Taq酶,進(jìn)行PCR反應(yīng)。另一家公司Epicentre有一種MasterAmpTM Tth DNA聚合酶,本身就具有逆轉(zhuǎn)錄酶活性,也可用作RT-PCR。

高保真Taq酶

下游應(yīng)用為基因篩選、測序、突變檢測,分子診斷等等的用戶,往往對PCR保真性要求很高,保真性的一個通用標(biāo)準(zhǔn)是錯配率,錯配率越低保真性越好。普通Taq酶的錯配率在2-5X10-5堿基/循環(huán)數(shù),而高保真Taq酶錯配率可達(dá)10-6數(shù)量級,大大降低了出錯的可能。其原理主要是因?yàn)楦弑U鎀aq酶具有3‘到5’核酸外切酶(Proofreading)的活性,擴(kuò)增途中如果產(chǎn)生了錯配的堿基,它可以將其切掉,從而保證了擴(kuò)增的準(zhǔn)確性。需要提醒用戶的是由于此酶具有核酸外切酶功能,往往擴(kuò)增效率低一些,有的還容易降解引物,且產(chǎn)物一般不宜用TA或UA克隆法克隆。目前市面上主要有兩類產(chǎn)品,一類是混合型的高保真酶,將帶有Proofreading活性的酶與普通Taq酶(用于提高擴(kuò)增效率)混合起來,錯配率在8-9 X10-6堿基/循環(huán)數(shù)。Clontech、LTI等公司都有此類產(chǎn)品。如果要求更高的保真度,就要選擇單一型的高保真酶,如Stratagene的 Pfu,NEB公司的Vent DNA 聚合酶,錯配率5.7 X10-5堿基/循環(huán)數(shù);QIAGEN公司新推出的ProofStart DNA聚合酶,兼特異性與保真性于一體,其聚合酶及Proofreading活性都為熱啟動,可避免引物降解,錯配率達(dá)2-4×10-6堿基/循環(huán)數(shù),加上優(yōu)化的反應(yīng)體系,可在室溫下配置反應(yīng)液,可進(jìn)行復(fù)雜模板(高GC含量、二級結(jié)構(gòu))及長片段的擴(kuò)增,的確是這類酶中的*。

高耐熱性Taq酶

對于有些模板變性溫度較高,需要時間較長的用戶,可能要求高耐熱性Taq酶,這里介紹NEB公司的Vent和Deep Vent DNA聚合酶系列,兩者都是從海底火山口分離出來后克隆的,是普通Taq酶耐熱性的三倍以上,前者在95℃半衰期近7小時,100℃近2小時;后者更甚,分別為23小時和8小時。

超長片段擴(kuò)增Taq酶

對于作基因組圖譜、測序及分子遺傳學(xué)研究的用戶,可能會用到超長片段的擴(kuò)增,Clontech公司的Advantage Genomic系列混有Tth DNA聚合酶,Proofreading酶和熱啟動抗體,對復(fù)雜模板可擴(kuò)增10kb片段,簡單模板可達(dá)40kb。

關(guān)于復(fù)雜模板的擴(kuò)增

對于模板結(jié)構(gòu)復(fù)雜,如GC含量高(>60%),有二級結(jié)構(gòu)等,普通的Taq酶可能難以延伸下去,加入DMSO等助熔劑可幫助擴(kuò)增順利進(jìn)行,但 DMSO有毒,而且用量需要優(yōu)化。QIAGEN公司的任何一種Taq酶都附有特制的Q-溶液,操作方便、安全,對復(fù)雜模板的擴(kuò)增特別有效。

關(guān)于條件的優(yōu)化

現(xiàn)下很多的生物試劑公司都提供優(yōu)化的緩沖液,如QIAGEN公司的緩沖體系,對溫度和Mg2+的耐受性很強(qiáng),隨試劑盒有推薦的操作手冊,大大減少了反應(yīng)條件的優(yōu)化,如果結(jié)合好的引物設(shè)計軟件和高質(zhì)量的模板引物,一次成功率*。但任何東西都不是的,如果碰到比較特殊的情況,還需要仔細(xì)分析,優(yōu)化調(diào)整。

以上就Taq酶的一些基本分類分別進(jìn)行了介紹,具體選購時要根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要擇其重點(diǎn),再參照其他參數(shù),才能選到zui合適的Taq酶。我們會及時將的技術(shù)和產(chǎn)品推薦給大家,希望能幫助大家更快更好的達(dá)到實(shí)驗(yàn)?zāi)康摹?/p>

 

 

 

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