強力土壤® 總RNA 提取試劑盒

【資料簡介】

RNA PowerSoil® Total RNA Isolation kit

強力土壤® 總RNA 提取試劑盒

操作步驟更新：

l （步驟3‐5）酚lv仿（pH6.5‐8.0，[用戶自備]）從原來5min 渦旋震蕩后加入，改為渦旋振蕩前加入。

l （步驟12）步驟12 的孵育改為在室溫下進行。若原來‐20℃溫度下孵育能獲得理想得率，你可維持原溫度孵育。

簡介

RNA PowerSoil® Total RNA Isolation Kit 專門設(shè)計用于提取土壤微生物總RNA。試劑盒性能*，能始終如一地去除腐植酸、富哩酸等RT‐PCR 抑制因子獲得純凈的，可直接用于RT‐PCR 分析的高質(zhì)量純凈RNA。通過RT‐PCR擴增RNA，證明包括堆肥、底泥、糞肥等富含有機物的各種類型土壤，使用此試劑盒均能體現(xiàn)微生物結(jié)構(gòu)完整性。使用LifeGuard™ Soil Preservation Solution 能在采集用于RNA 提取的土樣后，運輸保存過程中，保持細菌存活的同時使其與處休眠狀態(tài)。無論從什么地方采集土樣，抑制RNase 和DNase 的活性可保證cDNA 的全長合成，以及16s rRNA profiling。LifeGuard™可保持微生物群落結(jié)構(gòu)，‐20℃ 30 天，4℃ 2 星期，室溫 1 星期。室溫下保持RNA 完整性30 天。我們不建議用RNALater 或RNAProtect 保護土壤核酸。

操作預(yù)覽

土壤微生物多樣性的動態(tài)性根據(jù)微生物群落族群及其新陳代謝狀態(tài)變化而變化。影響因素有土壤的成分、含水量、日光照射、可利用養(yǎng)分等環(huán)境條件。RNA PowerSoil® Total RNA Isolation kit 設(shè)計可提取土壤微生物及微動物總RNA，包括休眠、正常代謝及死亡的微生物。RNA PowerSoil® Total RNA Isolation kit 可以提供完整的土壤微生物群落結(jié)構(gòu)圖及RNA 成分表。

此試劑盒僅供研究用途，非診斷用。

相關(guān)產(chǎn)品                              貨號            數(shù)量

RNA PowerSoil® DNA Elution Accessory Kit   12867‐25        25 preps

LifeGuard™ Soil Preservation Solution      12868‐100        100ml

12868‐1000        1000ml

UltraClean Agarose, Molecular Biology Grade  15003‐50        50g

15003‐100       100g

15003‐500       500g

15003‐1000      1kg

UltraClean®PCR Clean‐Up Kit               12500‐50       50 preps

12500‐100      100 preps

12500‐250      250 preps

新產(chǎn)品！試用我們的LifeGuard™ Soil Preservation Solution(MO BIO 貨號：12868‐100)

室溫下運輸或保存土樣樣品期間保護核酸穩(wěn)定長達30 天！

重要提醒：此試劑盒需要用戶自備酚/lv仿/異戊醇溶液（25:24:1， pH6.5‐8.0）可從Amresc，Incorporated 或VWRInternational 公司購買（見“酚/lv仿/異戊醇供應(yīng)商”名單），或用戶自制。

注意：*及酚/lv仿/異戊醇容易被氧化呈現(xiàn)黃色或粉紅色，指示該溶液不再適合用于RNA 提取。使用帶顏色的酚/lv仿/異戊醇可能會影響zui終RNA 的質(zhì)量。使用前存放于干凈的容器中，旋緊蓋子并避光4℃保存，以延長保質(zhì)期。

設(shè)備要求：

15ml 管離心機（2500g）

微型離心機（13000g）

移液器（20μl~1000μl）

移液器（1ml & 10ml）

水浴加熱設(shè)備（45℃，可選）

Vortex‐Genie®2 渦旋儀（MO BIO 貨號#13111‐V‐220）

渦旋儀適配器（MO BIO 貨號#13000‐V1‐15）

 

需要但不提供的試劑

*：lv仿：異戊醇溶液

試劑盒組分

貨號：12866‐25

組分 量

Bead Tubes (with 1.5g beads) 25

Bead Solution 69ml

Solution SR1 7ml

Solution SR2 22ml

Solution SR3 42ml

Solution SR4 165ml

Solution SR5 110ml

Solution SR6 28ml

Solution SR7 3ml

RNA Capture Columns 25

15ml Collection Tubes 100

2.2ml Collection Tubes 25

△實驗前請先逐一檢查試劑!

購買現(xiàn)成酚lv仿溶液

廠家名稱 試劑名稱 貨號 體積（ml）

Amresco,

Incorporated

Phenol: Chloroform (pH 6.7/8.0) 25:24:1

premixed with isoamyl alcohol

0883‐100 100

Amresco,

Incorporated

Phenol: Chloroform (pH 6.7/8.0) 25:24:1

premixed with isoamyl alcohol

0883‐400 400

VWR International

Phenol: Chloroform premixed with

Isoamyl Alcohol 25:24:1

100513‐510 100

VWR International

Phenol: Chloroform Buffered Solution

25:24:1    IB05174    400

保存

組分室溫（15‐30℃）保存。

操作步驟：

1、加入2g 土壤樣品到一個Bead Tubes（試劑盒提供）中。注意：參考疑難點關(guān)于土樣加樣量問題。

2、加入2.5ml Bead Solution、0.25ml SR1 溶液、0.8ml SR2 溶液到Bead Tubes，渦旋混勻。

這一步發(fā)生了什么：緩沖液Bead Solution 可分離微生物細胞與土壤成分。SR1 溶液含有SDS 以及其它用于細胞裂解的試劑。SDS 作為去垢劑，能破壞細胞膜上的脂肪酸、脂質(zhì)。SR2 溶液為沉淀溶液，可去除腐殖質(zhì)、細胞碎片及蛋白質(zhì)等非DNA 的有機、無機成分。有機及無機成分的污染會影響到zui終RNA 的質(zhì)量并抑制下游RNA 實驗。渦旋振蕩是樣品均質(zhì)化和細胞裂解的關(guān)鍵步驟。

注意：溫度過低時會產(chǎn)生沉淀。60℃水浴可重溶SDS，并可趁熱使用。

3、加入3.5ml 酚/lv仿/異戊醇溶液（pH6.5‐8.0，[用戶自備]），渦旋混勻直至分離層消失。

這一步發(fā)生了什么：加入酚lv仿可獲得*裂解效率和得率。裂解的細胞組分留在了有機相，蛋白變性。

4、把Bead Tubes 固定在渦旋儀適配器（貨號13000‐V1‐15）上，zui大轉(zhuǎn)速（3200rpm）渦旋連續(xù)振蕩15min。這一步發(fā)生了什么：微生物細胞在1‐3 步化學（裂解緩沖液）和機械（渦旋振蕩）力共同作用下崩解。使用MO BIO 的適配器是均質(zhì)化樣品、裂解細胞的方法。你也可以用膠帶把Tube 管固定在渦旋儀3.5 英寸橡膠平板上。不過需要注意的是，膠帶會在渦旋振蕩過程中會松脫，造成裂解效率下降，樣品間結(jié)果不統(tǒng)一或得率不高。

5、取下Bead Tube，室溫下2500g 離心10min。

這一步發(fā)生了什么：離心使得相位分離，zui終可見三個分離層。zui下層含有蛋白、細胞碎片，中間層含有腐殖質(zhì)及其他有機無機成分，zui上層含有總核酸。注意：中間層的厚薄決定于樣品類型，富含有機質(zhì)的樣品會形成更厚的中間層。

6、小心地把Bead Tube 從離心機取下，轉(zhuǎn)移上分離層（避開中間層及底部分離層）到一個干凈的15ml 收集管中（試劑盒提供）。中間層的厚薄視樣品類型而定。Bead Tube 中余下的酚/lv仿/異戊醇溶液棄于廢液回收容器中。注意：富含無機物的土壤，中下分離層可能比較厚實，需要用槍頭刺入底部*層。

這一步發(fā)生了什么：含有總核酸的上分離層被轉(zhuǎn)移到了一個新的Tube 管中。留下細胞碎片、蛋白質(zhì)和其它有機成分。注意轉(zhuǎn)移上分離層時避免吸到中間或底層溶液。

7、加入1.5ml SR3 溶液到水相分離層，渦旋混勻。4℃孵育10 分鐘。

這一步發(fā)生了什么：第二次使用沉淀劑進一步去除蛋白質(zhì)、細胞碎片。

8、室溫2500g 離心10min。避開沉淀小球，轉(zhuǎn)移上清到一個干凈的15ml 收集管中（試劑盒提供）。

這一步發(fā)生了什么：含有核酸的上層溶液轉(zhuǎn)移到了一個新的15ml 收集管中。剩下非核酸成分。

9、加入5ml SR4 溶液到含有上清液的收集管中，上下顛倒數(shù)次或輕輕渦旋混勻。室溫孵育30min。

注意：原來的操作說明是‐20℃孵育30min。若你的土壤類型在‐20℃下孵育能獲得理想的得率，請按照原方法進行。

10、室溫2500g 離心30min。

11、輕輕倒掉上清，把15ml 收集管倒扣于一張吸水紙上，停留5 分鐘。

注意：根據(jù)土壤類型，底部沉淀可能更大或更黑。

這一步發(fā)生了什么：SR4 為*異丙醇。核酸形成沉淀后，棄去異丙醇。

12、SR5 使用前先搖勻。加入1ml SR5 溶液到15ml 收集管中。充分重懸沉淀。（注意：根據(jù)土壤類型，沉淀物有可能難于重懸?？?/span>45℃水浴10min，再稍微渦旋。重復直至充分重懸沉淀物。

這一步發(fā)生了什么：SR5 為的鹽溶液，可重懸步驟14 沉淀下來的核酸。同時平衡RNA capture column 濾膜，為步驟16 的沖洗和步驟20 的洗脫做準備。

13、每個RNA 樣品制備一個RNA capture column（試劑盒提供）：

a. 取下RNA capture column（試劑盒提供）的帽子，把RNA capture column 放入一個15ml 收集管中。Column懸掛于15ml 收集管中。

b. 加入2ml SR5 溶液到RNA capture column 中，讓其自然流下，收集在15ml 收集管中。（注意：下一步加樣前勿讓column 風干。

14、把步驟12 獲得的RNA 提取物加到RNA capture column 中，讓其自然流下，收集在15ml 收集管中。

15、再加入1ml SR5 溶液 沖洗RNA capture column。讓其自然流下，收集在15ml 收集管中。

這一步發(fā)生了什么：加到RNA capture column 中的核酸選擇性吸附到column 濾膜上。再加1ml SR5 為了沖洗未被吸附的雜質(zhì)，準備RNA 洗脫。

16、把RNA capture column 轉(zhuǎn)移到一個新的15 ml 收集管中（試劑盒提供）。SR6 使用前搖勻。加1ml SR6 溶液到RNA capture column 中洗脫RNA。讓SR6 自然流下收集在15ml 收集管中。

這一步發(fā)生了什么：SR6 洗脫緩沖液為的鹽溶液，可選擇性地把RNA 從column 濾膜上洗脫下來，留下DNA、殘留的細胞碎片及抑制因子等。注意：一款新的試劑盒（貨號：12867‐25）可把剩余的DNA 洗脫下來。

17、把洗脫下來的RNA 轉(zhuǎn)移到一個2.2ml 收集管（試劑盒提供）中。加入1ml SR4 溶液。至少上下顛倒一次混勻。‐20℃孵育10min。

18、室溫13000g 離心15min，沉淀RNA。

19、棄去上清，把2.2ml 收集管倒扣在吸水紙上晾干10min。

這一步發(fā)生了什么：SR4 為*異丙醇。洗脫的RNA 沉淀、離心、晾干，然后重懸濃縮。

20、使用100μl SR7 溶液重懸RNA 沉淀物。

這一步發(fā)生了什么：SR7 為RNase/DNase‐Free 水，用于重懸沉淀的RNA。SR7 不含EDTA。此時RNA 可直接用于下游實驗。為了延長RNA 的保存時間，可用10mM Tris pH8.0 代替SR7 重懸RNA。

（注意：對于大多數(shù)類型土樣，zui終RNA 中攜帶的DNA 并不明顯。而有機物含量特別高的樣品有可能增加

DNA 的污染。對DNA 污染比較敏感的情況下，可使用經(jīng)過檢測的引物做PCR 擴增。瓊脂凝膠顯示有DNA 條帶的話，請參照疑難點中的DNase 處理。）

LifeGurad™ Soil Preservation Solution 操作說明

1、每克土樣加入2~2.5 倍體積的LifeGurad™ Soil Preservation Solution。如1g 土樣加入2~2.5ml LifeGuard™。若采樣時直接把土壤加入到RNA PowerSoil™的 15mlBead Tube，2g 土樣分量加5ml LifeGuard™。

注意：若處理的是沉積物等水分含量較高的樣品，每克樣品請加入3 倍體積的LifeGuard™。

2、渦旋或手動搖勻，使所有土樣*潤濕。此時LifeGuard™溶液頁面應(yīng)該高于土樣。

3、根據(jù)實際條件‐20℃、4℃或室溫保存樣品。提取 RNA 前2500g 離心5min，移除LifeGuard™溶液。

4、若直接使用15ml Bead Tube 收集樣品，離心去除LifeGuard™溶液后直接進入RNA PowerSoil™ Total RNA IsolationKit 說明書步驟二繼續(xù)。使用LifeGuard™保存的各種類型不同生物量和水分含量土壤已經(jīng)成功通過測試。沉積物水份含量較高會稀釋LifeGurad™，需要更大的體積比（3:1）。

生物量對在不同溫度條件下LifeGuard 保存微生物群落結(jié)構(gòu)的性能影響很大。對生物量未知或周圍環(huán)境溫度超過一般室溫（22‐25℃）的情況下，應(yīng)轉(zhuǎn)移到‐20℃或4℃，或加大LifeGuard™使用比例（＞2.5ml LifeGuard/ g 土樣）。長時間運輸或保存土樣（超過30days），請于‐20℃保存土樣。

疑點難點

土樣類型和加樣量zui終RNA 的得率和純度取決于處理的土樣類型。RNA PowerSoil™ Total RNA Isolation Kit 經(jīng)過驗證適合處理各種類型不同物理、化學、生物特性的土樣。高有機物含量的樣品，減少加樣量至1g 能更好地平衡RNA 得率與DNA污染。根據(jù)我們的經(jīng)驗，對于大多數(shù)樣品zui多加樣2g。沉積物可稍微多加樣，我們曾經(jīng)zui多加樣5g。提取過程中，步驟12 SR4 使用量可增至與裂解物體積一致（注意計算SR4 消耗量）。有些土樣或沉積物鹽分含量較高，步驟13 中可見明顯的的白色或黃色鹽沉淀。此沉淀會減少核酸提取得率。為了克服鹽沉淀，加入SR4 后可室溫孵育30min，取代原來的‐20℃孵育。其它操作步驟不變。

酚/lv仿/異戊醇液相分離

為了保證酚/lv仿/異戊醇與水相充分分離，步驟7 要在室溫下2500g 至少離心10min。離心后，中間層的厚薄視土樣有機物含量多寡而不同。轉(zhuǎn)移上清時必須避免吸取中間層及底層。若吸取到了中間層或底層，重新離心已轉(zhuǎn)移的水相層一遍，分離水相層?；蛲煊?/中間層的水相中加入等體積（2ml）lv仿，上下顛倒數(shù)次或渦旋混勻，室溫2500g 離心10min。轉(zhuǎn)移上層水相，棄去下層*/lv仿層。

SR5 重懸沉淀

高有機物含量的土樣獲得的RNA 沉淀可能難于重懸。45℃水浴加熱RNA 沉淀有助于重懸。用槍頭攪動沉淀或渦旋也能輔助重懸。進入步驟17 加樣到column 前必須充分重懸RNA 沉淀。未能充分重懸RNA 沉淀會減少RNA吸附，降低其自然下流的速度，導致RNA 損失。

Column 沖洗洗脫

RNA Capture Column 中液體只能通過重力流下，不能使用離心機或真空泵抽吸。

使用RNase‐Free DNase 消化RNA

注意：只有RNase‐Free DNase 才使用于本操作說明。RNases 的存在會消化掉RNA。

對于絕大多數(shù)類型土樣，RNA PowerSoil™ Total RNA Isolation Kit 不存在DNA 污染。但高有機物含量的土樣，仍有可能提取RNA 的同時帶有DNA 污染。請把下文操作說明與DNase 生產(chǎn)廠家的說明書結(jié)合，處理RNA。

a. 若一次處理RNA PowerSoil™ Total RNA Isolation Kit 得到的所有RNA，加入4 單位的DNase，加入適當?shù)?/span>DNase緩沖液和水，定容至200μl。通常10X DNase 消化緩沖液為含10mM CaCl2、10mM MgCl2 的10mM Tris‐HCl緩沖液，pH7.5。

b. 37℃孵育30‐45min。

c. 計入200μl 酚/lv仿/異丙醇（pH6.5‐8.0），渦旋混勻。室溫孵育5min

d. 10000g 離心5min。

e. 小心轉(zhuǎn)移上層液相到另一Tube 管中。

f. 加入1/10 體積的5M NaCl，2 倍體積的*乙醇，上下顛倒混勻。

g. ‐20℃孵育30min，10000g 離心10min。

h. 棄去上清，晾干沉淀小球。

i. 使用與沉淀一樣體積的SR7 重懸小球。此時RNA 可不用稀釋直接用于RT‐PCR 等下游實驗。