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植物RNAout
產(chǎn)品及特點(diǎn) 本產(chǎn)品是天澤基因自主開發(fā)的*產(chǎn)品,其原理*不同于異硫氰酸胍/酚/氯仿提取方法,克服了后者不能區(qū)分RNA (本質(zhì)上是多糖)和其他植物多糖的缺點(diǎn),能將RNA和其他植物多糖分開,同時還能有效去除多酚和其他植物次級代謝成份。其有效性在近五十多種各類植物(見附錄,包括十分棘手的松柏類植物)中得到驗(yàn)證。
. 適用于絕大多數(shù)植物,從五十多種植物材料中都成功提取到了總RNA,其中包括松針、柏樹、香蕉等用胍/酚/氯仿方法未能提取到RNA的植物(注:部分植物組織,如果實(shí), RNase含量*, 需要另外加RVC抑制其活性)。
2. 操作簡單快速,zui短可以只需要約十五分鐘,可以全在室溫下進(jìn)行。
3. 得到的RNA平均 OD260/280在.9左右,可直接用于RT-PCR和Northern等研究。
規(guī)格及成分 成份 50 次包裝 250 次包裝
溶液A 50 mL 250 mL
溶液B 5 mL 75 mL
溶液C 25 mL 25 mL
溶液D 25 mL 25 mL
使用手冊 份 份
運(yùn)輸及保存 常溫運(yùn)輸,4℃保存,有效期一年。
自備試劑 氯仿、75%乙醇、RNA溶解液。
使用方法 . 準(zhǔn)備
a) 估算試劑和組織細(xì)胞的用量并準(zhǔn)備足夠的氯仿、75%乙醇和RNA溶解液 (如RNASAVER、無RNase的水或有滅活殘留RNase活性的液相RNase清除劑)。每次微量提取一般需要00-200 mg植物葉片、或50-00 mg植物種子、或200-500 mg植物果實(shí)。
b) 溶解溶液A沉淀。溶液A在4℃放置后可能會產(chǎn)生沉淀,使用前必須放在65℃水浴使沉淀*溶解。
2、 勻漿
a) 先將新鮮植物切成小塊(保存在RNALOCKER中的植物組織需用紙吸去RNALOCKER液體后再剪切成小塊),放入0-5 mL塑料離心管中,加入 mL溶液A,然后用勻漿器勻漿5-20秒,將不超過 mL的勻漿液轉(zhuǎn)移至干凈的.5 mL塑料離心管中(可以不必轉(zhuǎn)移非液體的細(xì)胞碎片)。勻漿時會產(chǎn)生泡沫,但不影響提取效果。有的植物組織(果實(shí))含有大量水份,勻漿液會多于 mL,轉(zhuǎn)移時也只取 mL。
b) 如果用硯磨法破碎植物組織,需將植物組織浸泡在 mL溶液A中再硯磨,盡量避免植物組織跟空氣直接接觸,然后將硯磨物轉(zhuǎn)移到新的.5 mL離心管中。
3、 *次分相
a) 在裝有裂解物的離心管中加入0.3 mL的溶液B和0.2 mL自備氯仿,用手上下顛倒或振蕩器振蕩30秒混勻,此時溶液呈均勻的乳濁狀。振蕩器振蕩時必須使管底溶液震蕩起來。
b) 室溫2000-5000 g離心5分鐘,兩相間將有約5-0毫米厚的細(xì)胞破碎物。
c) 將上清液(約0.8 mL)轉(zhuǎn)移到另一干凈的.5 mL塑料離心管中,下層有機(jī)相和中間層含有DNA、蛋白質(zhì)和其他雜質(zhì),避免觸及或吸取。留下00 uL上清液不取。
4、 第二次分相
a) 在上清液中加入0.5 mL的溶液C和0.2 mL的自備氯仿,用手上下顛倒或振蕩器振蕩30秒混勻,此時溶液呈均勻的乳濁狀。振蕩器振蕩時必須使管底溶液震蕩起來。
b) 室溫2000-5000 g離心3分鐘,兩相間將有白色膜狀物(蛋白質(zhì))形成。
c) 將上清液(約 mL)轉(zhuǎn)移到另一干凈的.5 mL塑料離心管中,避免觸及或吸取有機(jī)相及其上面的白色膜狀物。
5、 沉淀
a) 在上清液中加入0.5倍體積的溶液D,用手上下顛倒或振蕩器振蕩30秒混勻,此時溶液呈白色渾濁狀。振蕩器振蕩時必須使管底溶液震蕩起來。如果提取 50 mg以下的微量植物組織樣品,在此步加入天澤基因的微量助沉劑RNADOWN。
b) 室溫2000-5000 g離心3-5分鐘,RNA將在管底形成白色沉淀(約黃豆大?。?。如果組織樣品量少或需要提高RNA回收率,也可以延長離心時間到20-30分鐘。
c) 小心移棄上清液,避免觸及管底RNA沉淀。
注意:如果加入溶液D離心后沉淀漂浮在上面,說明植物糖份多,溶液比重大,可以少加植物樣品,也可以適當(dāng)加無RNase的水稀釋直到沉淀能夠沉下去為止。如果離心后管底有類似氯仿的相出現(xiàn),說明上一步離心時間不夠或取上清時取到了下層的有機(jī)相,可以適當(dāng)延長離心時間或取上清時留下約00 uL不取或在第四步時加0.3 mL的自備氯仿。
6、 *次清洗
a) 在離心管中加入mL 75%的乙醇,振蕩器上振蕩混均30秒。
b) 室溫2000-5000 g離心分鐘,RNA將在管底形成細(xì)小沉淀(約芝麻大?。?。
c) 小心吸棄上清液,注意不要吸棄RNA沉淀。
7、 第二次清洗
a) 重復(fù)第六步一次。
b) 短暫快速離心,用移液槍小心吸棄殘留液,注意不要吸棄沉淀。此步將有效去除殘留的乙醇,否則后續(xù)反應(yīng)會受到影響。
8、 溶解
a) 加入適量(一般為20-00 μL) RNA溶解液使RNA沉淀溶解,存放于-80℃或立即使用。千萬不要用真空離心法使RNA沉淀過于干燥,否則RNA將變得十分難溶。
9、 檢測
a) RNA完整性的電泳檢測
如果需要做Northern雜交,強(qiáng)烈建議用戶使用甲醛變性膠進(jìn)行RNA電泳,因?yàn)榉亲冃阅z不能分離所有的RNA分子(BioTechniques,28:44,2000)。如果是簡單檢測,可以使用TAE或天澤基因的SuperBuffer-2 DNA/RNA兩用快速電泳液,但文獻(xiàn)報道必須使用變性上樣液(BioTechniques,9:558,990)。普通DNA上樣液不含變性劑,也沒經(jīng)過去RNase處理,所以不要使用。
尤其需要注意的是不要使用TBE進(jìn)行RNA電泳,因?yàn)門BE所含硼酸是研究多糖的經(jīng)典方法----硼酸絡(luò)合法中的關(guān)鍵成分,硼酸通過與RNA核糖中的羥基發(fā)生絡(luò)合反應(yīng),形成RNA分子內(nèi)或RNA分子間的絡(luò)合復(fù)合物,使同樣長度的RNA具有不同的泳動速度,電泳條帶彌散,同時有大的RNA絡(luò)合復(fù)合物遲留在加樣孔中(一般會誤以為是基因組DNA污染)。RNA分子內(nèi)或RNA分子間的絡(luò)合物的形成的多少和比例又與硼酸與RNA的數(shù)量比例有關(guān),而RNA樣品中污染的其他多糖(如植物中提取的RNA)也會參與此反應(yīng),使硼酸對RNA電泳的影響更復(fù)雜,所以TBE對RNA電泳的影響沒有規(guī)律性和重復(fù)性。有的樣品可以使用有的又不行,是避免使用。
由于動物細(xì)胞中70-80%的RNA為rRNA,后者又由28S (約4800 nt),8S (約900 nt)和5.8S (約20 nt)三種組成,所以變性膠電泳后應(yīng)該在UV下看見三條清晰的rRNA帶。由于核酸長度與結(jié)合EB的數(shù)量成正比(當(dāng)然還與RNA的二級結(jié)構(gòu)有關(guān),雙鏈部分結(jié)合能力比單鏈部分強(qiáng)),所以28S rRNA條帶的熒光強(qiáng)度一般比8S rRNA條帶的熒光強(qiáng)度強(qiáng).5-2.3倍。如果這兩條rRNA帶不清晰或比例小于此范圍則表示RNA有降解(因?yàn)榇蟮腞NA被酶降解的可能更大)。
跟動物一樣,植物果實(shí)和種子的RNA一般有三條電泳帶,但植物葉片的RNA有四條或更多rRNA帶,多余的RNA來源于葉片中大量存在的葉綠體。
b) RNA產(chǎn)量產(chǎn)率測定
將5-0 μL RNA溶于TE緩沖液中(pH7.5-8.2之間)檢測其在OD260的光吸收。通過光吸收可以得出RNA濃度( OD260的RNA=40 μg/mL),進(jìn)而計算出RNA的產(chǎn)量(濃度X體積)和產(chǎn)率(RNA產(chǎn)量/組織用量)。
注意不要將RNA稀釋在DEPC水中檢測OD260和OD280,否則光吸收比在TE中測得的低0%-5%,因?yàn)楹怂峁馕崭芤簆H相關(guān),而DEPC水中的DEPC高壓分解后產(chǎn)生的CO2 與水反應(yīng)生成碳酸,使溶液pH降低進(jìn)而降低RNA的光吸收。RNA的產(chǎn)率還隨組織的營養(yǎng)狀態(tài)和組織的種類不同而不同,00 mg種子的RNA產(chǎn)量一般為00-20 μg,00 mg葉片為30-60 μg, 00 mg果實(shí)為20-40 μg。
c) RNA純度測定
無污染的總RNA的OD260/OD280一般在.8-2.之間(具體數(shù)值與其堿基組成和溶液成分等多種因素有關(guān)),OD260/OD230一般在2.0-2.3之間,如果低于或高于此范圍則分別表示樣品可能有蛋白質(zhì)或多糖的污染,但一般不影響RT-PCR等反應(yīng)。蛋白質(zhì)污染可以通過酚/氯仿抽提一次然后酒精沉淀去除,DNA和多糖污染可以分別用天澤基因的DNA Erasol 和PS Erasol去除。
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